Hypiper:基于二代测序数据组装直系同源基因以及两个派生的pipline:Hypiper-nf和paragone-nf 2025年6月9日2025年3月10日 作者 majunpeng Hybpiper和Paragone-nf的使用 1. 前言 1.1 Hybpiper 官方介绍:HybPipe … 阅读更多
全基因组加倍(WGD) 2025年7月18日2024年12月9日 作者 majunpeng WGDI: 全基因组加倍(WGD) 1.数据准备和预处理 WGDI要求(1)基因组文件;(2)基因组注释文件( … 阅读更多
CAFE 5:基因家族的扩张与收缩 2024年12月28日2024年12月3日 作者 majunpeng CAFE 5:基因家族的扩张与收缩 1. 软件下载 ### 创建分析环境 mamba create -n Ge … 阅读更多
基因组功能注释 2024年11月25日2024年11月25日 作者 majunpeng 基因功能注释 1. 软件和数据库下载 1.1 数据库下载 1.1.1 NR数据库 #通过Aspera高速下载 … 阅读更多
3D 基因组分析 2024年11月5日2024年11月4日 作者 majunpeng 3D 基因组分析 1. 构建接触矩阵 1.1 将HI-C数据比对到参考基因组 # 构建bwa索引 bwa in … 阅读更多
基因组结构预测 2024年10月28日2024年10月16日 作者 majunpeng 基因组结构预测 引言 基因组的结构注释目前已经有很多的流程,基本上都是结合转录组+蛋白+从头预测三方证据进行整 … 阅读更多
Haphic基因组染色体挂载 2024年10月15日2024年10月15日 作者 majunpeng 单倍型基因组挂载神器-Haphic 1. 软件官网 https://github.com/zengxiaofe … 阅读更多
基因组重复序列注释 2024年10月18日2024年10月12日 作者 majunpeng 基因组重复序列注释 引言 目前重复序列的注释方法有很多,但是主流的1.EDTA+RepeatMask;2.Re … 阅读更多