### 填充基因组组装中的空隙（gap）。
python ~/Software/quarTeT/quartet.py GapFiller -g ../../../../hap_n_12.hic.p_utg.fa -d groups.review.asm.fasta -t 30

# -g ../../../../hap_n_12.hic.p_utg.fa: 指定包含空隙（通常表示为 'N'）的基因组草图文件（scaffold/contig）。
# -d groups.review.asm.fasta: 指定用于填充空隙的序列文件，这通常是 unplaced contigs 或者其他可以用来填补缺口的序列集合。
# -t 30: 指定用于此任务的线程数，以加速计算过程。

### 识别基因组序列中的端粒区域。
python ~/Software/quarTeT/quartet.py TeloExplorer -i groups.review.asm.chr.genome.fasta -c plant

# -i groups.review.asm.chr.genome.fasta: 指定输入的基因组序列文件，通常是染色体级别的组装结果。
# -c plant: 指定要搜索的端粒重复序列的类型。这里 'plant' 表示使用植物典型的端粒重复序列（TTTAGGG）进行搜索。

### 预测基因组中的着丝粒区域。
python ~/Software/quarTeT/quartet.py CentroMiner -i quarTeT.genome.filled.fasta --TE quarTeT.genome.filled.fasta.gff --gene ./Final_result/Prunus_pedunculata.gff3 -t 40 -p centromere_out

# -i quarTeT.genome.filled.fasta: 指定输入的基因组序列文件，这里使用的是经过 GapFiller 填充后的版本。
# --TE quarTeT.genome.filled.fasta.gff: 指定转座元件（Transposable Element, TE）的注释文件，格式为 GFF。着丝粒区域通常富含特定的转座子，此信息有助于预测，可以是EDTA或Repetmasker输出的gff文件。
# --gene ./Final_result/Prunus_pedunculata.gff3: 指定基因注释文件，格式为 GFF3。着丝粒区域通常是基因稀疏区，此信息也作为预测的依据。
# -t 40: 指定使用的线程数。
# -p centromere_out: 指定输出文件的前缀或输出目录的名称。