小马的生信笔记

1. 前言

随着基因组组装的技术不断完善，T2T和单倍型基因组很容易组装出来，单倍型基因组比较分析也是近期比较火的，因此斗胆来接着这个机会来分析以下，大概就是以下两个分析（1）单倍型基因组的结构差异分析（2）单倍型等位基因的差异表达分析和下游的差异基因富集分析。

2. 软件下载

				
					mamba create -n Hap_compritive\

mamba activate Hap_compritive

mamba install bioconda::minimap2

mamba install bioconda::syri

mamba install bioconda::plotsr 

git clone https://github.com/zhangrengang/orthoindex.git
cd orthoindex
mamba env create -f OrthoIndex.yaml
mamba activate OrthoIndex
python3 setup.py install

3. 单倍型结构变异分析

				
					minimap2 -ax asm5 --eqx  zhslhap1genome.fa zhslhap2genome.fa -t 40 > Minimap.sam
syri -c Minimap.sam -r zhslhap1genome.fa -q zhslhap2genome.fa -k -F S
plotsr --sr syri.out --genomes genome.txt -o output_plot.png

4. 单倍型基因组等位基因差异表达分析

暂时想到的策略就是jcvi鉴定定位基因，然后RSEM定量，最后进行差异分析。

				
					# 提取转录本并构建索引
rsem-prepare-reference -p 20 -gff3 zhslhap2.gff3 --bowtie2 zhslhap1genome.fa zhslhap1genome
rsem-prepare-reference -p 20 -gff3 zhslhap2.gff3 --bowtie2 zhslhap2genome.fa zhslhap2genome
# 比对并定量
rsem-calculate-expression --bowtie2 --paired-end -p 12 zhsl_1.fq zhsl_2.fq zhslhap1genome zhslhap1genome_rsem
rsem-calculate-expression --bowtie2 --paired-end -p 12 zhsl_1.fq zhsl_2.fq zhslhap2genome zhslhap2genome_rsem

输出结果比较重要的就是*genes.result和*isoforms.results，分别是基因和转录本的定量结果