1. 前言
最近因为一些其他原因，兜兜转转有回到了做染色体HIC热图，Juicebox直接出来的图缺失一言难尽，所以来学习一下如何做一个高颜值的HIC互作热图！
2. 软件下载
mamba create -n plotHicGenome python=2.7
mamba activate plotHicGenome
pip install plotHicGenome -i https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple
3. 作图
输入文件就是3D-DNA的输入文件和Juicebox调整后的结果
plotHicGenome juicer /home/New_env/yangxia/Xianyu/hic_demo/aligned/merged_nodups.txt ./output_HiC.assembly -W whole -n 12 -s True -l t -F 4 -r 500000 -X 2 -w 0.5 -d 3 -S 'dashed' -i 300 -z 6,6 -C 'black' -L 0.8 -A 0.8 -B '1%' -D 0.2 -o Juicerbox.pdf -R ./test
# -n 绘制的染色体的数量
