1. 前言
前面使用Pggb分开构建了每条染色体的图泛，获得了每个染色体的vcf文件，现在要把所有染色体的vcf文件进行合并。因此今天来学习一下bcftools的使用。此帖是一个长时间更新帖子，因为bcftools有很多的功能可能后续都会不断用到。
2. 下载
mamba create -n bcftools
mamba activate bcftools
mamba install bioconda::bcftools
3.1 使用
3.1 合并vcf文件
vcf的合并主要分为两种，（1）合并同一样本的不同文件，通常用来做不同方式Call snp的合并（2）第二种是合并同一个样本的不同染色体，也就是本次使用的目的。
bcftools concat Chr_1.vcf Chr_2.vcf -o merge.vcf
# -o 输出的合并的vcf文件