1. 前言
前面已经使用PGGB构建好了泛基因组，现在应该考虑如何进行可视化了，对比了几款可视化的软件，最后选择了两款软件，OGDI和sequenceTubeMap可视化一下。
2. 软件下载
# 下载sequenceTubeMap
git clone https://github.com/vgteam/sequenceTubeMap.git
cd sequenceTubeMap
# 该软件依赖vg，因此还要下载vg
curl -o vg https://github.com/vgteam/vg/releases/latest/download/vg
chmod +x vg
# 软件的官网声明还要下载NodeJS，虽然我不知道这个是什么，但是跟着流程走，不会错的
curl -o- https://raw.githubusercontent.com/nvm-sh/nvm/v0.40.1/install.sh | bash
export NVM_DIR="$([ -z "${XDG_CONFIG_HOME-}" ] && printf %s "${HOME}/.nvm" || printf %s "${XDG_CONFIG_HOME}/nvm")"
[ -s "$NVM_DIR/nvm.sh" ] && \. "$NVM_DIR/nvm.sh"
nvm install
nvm use
npm ci
npm run build
nvm use
# 启动sequecneTubeMap
npm run serve
# 随后可以登录网站进行可视化，网站的网址是是自己的ID加上3001端口。
http://localhost:3001
3. 使用
根据作者的说明，绘图的时候需要的是.vg、.gbwt和.gam，其中gbwt和gam文件是可选的。
# gfa转换为vg
vg convert -t 30 -g -v Combine.fasta.b1c69d8.11fba48.4f40d20.smooth.final.gfa > Combine.fasta.b1c69d8.11fba48.4f40d20.smooth.final.vg
# 生成xg索引，vg文件的目录下还有.vcf和.vcf.tbl，还会生产gbwt文件
~/Software/sequenceTubeMap/scripts/prepare_vg.sh Combine.fasta.b1c69d8.11fba48.4f40d20.smooth.final.vg
接下来只需要把所有需要用到的文件，复制到Software/sequenceTubeMap/exampleData/，也就是软件的示例数据文件夹就可以了。