Hifiasm进行基因组组装
1. 软件官网
https://github.com/chhylp123/hifiasm
https://hifiasm.readthedocs.io/en/latest/index.html
2. 软件下载
conda create -n hifiasm
conda install bioconda::hifiasm
3. 软件使用
# 只有Hifi数据
hifiasm -o NA12878.asm -t 32 NA12878.fq.gz
#HIFI+HIC
hifiasm -o NA12878.asm -t32 –h1 read1.fq.gz –h2 read2.fq.gz HiFi-reads.fq.gz
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-o 输出文件的前缀
-t 线程数
-h1 HICreds 1
-h2 HICreads 2
