1. 前言
目前最新发表的基因组大多都达到了染色体水平，但是一些老的基因组还是Contig或者Scaffiold水平，如果想把这些基因组升级到染色体水平是不是要借助HIC数据呢？答案是NO，Ragtag可以做到，通过把Contig或者Scaffold比对的染色体水平的参考基因组上，升级至染色体水平。
2. 下载软件
mamba create -n Ragtag
mamba activate Ragtag
mamba install bioconda::ragtag
3. 运行
基于参考基因组矫正组装过程产生的错误
ragtag.py correct ref.fasta query.fasta -t 8
比对，生成染色体水平的基因组
ragtag.py scaffold ref.fa ragtag_output/query.corrected.fasta
Gap填补
ragtag.py patch <target.fa> <query.fa>