cat Gamma_change.tab |cut -f1,15|grep "+[1-9]" >sample.expanded #提取Gamma_change.tab第15列代表物种sample的扩张的orthogroupsID
cat Gamma_change.tab |cut -f1,15|grep "-" >sample.contracted  #提取Gamma_change.tab第15列代表物种sample的收缩的orthogroupsID
grep "sample<13>\*" Gamma_asr.tre > sample_significant_trees.tre # 根据sample ID和编号提取sample分支的基因家族显著扩张或收缩的基因家族树（Gamma_asr.tre文件中默认以p<0.05为标准判断变化是否显著）
grep -E -o "OG[0-9]+" sample_significant_trees.tre > sample_significant.ogs # 提取sample分支显著变化的OG IDs （默认以p<0.05为标准）
awk '$2 <0.01 {print $1}' Gamma_family_results.txt >p0.01_significant.ogs # 以p<0.01为标准提取所有显著扩张或收缩的orthogroupsID（根据情况调整，常用p<0.05或p<0.01）
grep -f sample_significant.ogs p0.01_significant.ogs > sample_p0.01_significant.ogs # 提取以p<0.01为标准判断显著性的sample分支基因家族显著变化的OG IDs。
grep -f sample_p0.01_significant.ogs sample.expanded |cut -f1 >s ample.expanded.significant #提取显著扩张的sample物种的orthogroupsID
grep -f sample_p0.01_significant.ogs sample.contracted |cut -f1 > sample.contracted.significant #提取显著收缩的sample物种的orthogroupsID
grep -f sample.expanded.significant ./OrthoFinder/Results_Oct14/Orthogroups/Orthogroups.txt |sed "s/ /\n/g"|grep "bv" |sort -k 1.3n |uniq >sample.expanded.significant.genes #提取显著扩张的基因列表，假设基因ID是bv的前缀。
grep -f sample.contracted.significant ./OrthoFinder/Results_Oct14/Orthogroups/Orthogroups.txt sed "s/ /\n/g"|grep "bv" |sort -k 1.3n |uniq >sample.contracted.significant.genes #提取显著收缩的基因列表，假设基因ID是bv的前缀。
seqkit grep -f sample.expanded.significant.genes sample.pep.fa >sample.expanded.significant.pep.fa #提取显著扩张的基因序列
seqkit grep -f sample.contracted.significant.genes sample.pep.fa >sample.contracted.significant.pep.fa #提取显著收缩的基因序列